Проф. д-р Стефан Карастоянов е създател и ръководител на катедра „Регионална и политическа география\" в Геолого-географския факултет на Софийския университет „Св. Кл. Охридски\". От 1993 г. до 1999 г. е Декан на чуждестранните студенти и член на Академичния съвет на Софийския университет. Заместник-председател на Научната комисия по геолого-географски науки при ВАК на Министерския съвет от 2000 г. От 2003 г. е главен редактор на Годишник на Софийския университет -книга География. Специалист по регионална и политическа география, регионално развитие и регионална политика. Автор и съавтор на 10 монографии и учебници, последната от които е Балканите -политикогеорафски анализи (2002).
Има 120 статии и студии в нашия и чуждестранния печат. Негови 12 публикации са в авторитетното международно издание Кой кой е в света на нефта и газа, а три - в Говър сървъра на НАТО. През 2000 г. получава почетна диплома от Международния биографичен център в Кембридж за научни постижения през XX в.