Проф. д-р Стефан Карастоянов основава (през 1999 г.) и ръководи катедра „Регионална и политическа география" в Геолого - географски факултет на СУ „Св. Кл. Охридски". От 1993 г. до 1999 г. е Декан на чуждестранните студенти и член на Академичния съвет на Софийски университет. Заместник-председател на Научната комисия по Геолого-географски науки при ВАК на Министерски съвет от 2000 г. От 2003 г. е главен редактор на Годишник на Софийски университет - книга География. От месец ноември 2003 г. отново е избран за член на Академичния съвет на СУ „Св. Кл. Охридски".
Проф. д-р Стефан Карастоянов е заместник-председател на Българското геополитическо дружество. Специалист по регионална и политическа география, регионално развитие и регионална политика. Автор и съавтор на 12 монографии и учебници, последната от които е Чечения - политикогеографска характеристика (2003 г.)
Има над 120 статии и студии в нашия и чуждестранния печат. Негови 12 публикации са в авторитеттното междунардно издание „Кой Кой е в света на нефта и газа".