Плод на многогодишните му изследвания и основно преосмисляне на трудовете на старите автори в оригинал, д-р Ганчо Ценов написва капиталния си труд "Произход на българите и образуването на българската държава и църква" през 1910 г. Същата година с него кандидатства за доцент по стара българска история в историческия факултет София. Деканът проф. Златарски, който поддържа противоположна теза възприел безкритично Иречековата, проваля кандидатурата на д-р Ценов. Под диктат на Златарски цялата официална българска история го отрича. Без да спорят научно с него, те само го хулят. Той остава преподавател в Берлинския университет. Продължава още по-усърдно с проучванията си. Написва десетки трудове, най-ярки сред тях са: "Кроватова България и покръстването на българите" и "Народността на старите македонци".
През 30-те години невъздържаността и хулите на неговите отрицатели минават всякакви граници. По съвет на баща си, който е адвокат, той завежда срещу тях дело за публични обиди и клевети пред софийския окръжен съд. Бива назначена тройна експертиза от видни западни учени, които се произнасят, че е права тезата на д-р Ценов, а не на неговите отрицатели. За да не бъдат осъдени на затвор, той им прощава и прекратява делото.
След преврата на 09.09.1944 г., тъй като е женен за германка и живее в Берлин, бива обявен за "фашист и великобългарски шовинист". Книгите му са забранени и заключени в секретния фонд на Народната библиотека, София.
След погрома на Германия до есента на 1949 г. когато д-р Ганчо Ценов умира в Берлин, той се издържа от преводи. Други приходи няма. Цялото огромно имущество на съпругата му е отишло за заплащане на високите такси във Ватикана за проучване на българската история.